Whole genome analysis of Arabidopsis thaliana using Next Generation Sequencing

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dc.contributor.advisor Weigel, Detlef (Prof. Dr.) de_DE
dc.contributor.author Schneeberger, Korbinian de_DE
dc.date.accessioned 2011-06-15 de_DE
dc.date.accessioned 2014-03-18T10:22:50Z
dc.date.available 2011-06-15 de_DE
dc.date.available 2014-03-18T10:22:50Z
dc.date.issued 2010 de_DE
dc.identifier.other 346527988 de_DE
dc.identifier.uri http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:21-opus-56685 de_DE
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10900/49537
dc.description.abstract As-of the end of 2010 it has become commonplace that Next Generation Sequencing NGS) has revolutionized biology. Despite this it remains true that the advent of NGS reduced the costs of whole-genome sequencing tremendously. Soon even small labs will be able to afford sequencing of every genome of every species they like. Nonetheless sequencing of genomes might be cheap, resultant sequence reads alone are mostly not informative. It requires an army of new methods to handle the requirements that Next Generation Sequencing data brings along. In this thesis I present parts our efforts of the last four years to implement NGS technologies in plant whole-genome sequencing. First, I will outline how NGS read alignments against multiple reference sequences simultaneously can be performed efficiently and how this affects the outcome of whole-genome sequencing. Afterwards I will show how reference sequence guided assembly can further improve the reconstruction of genomic sequences. And finally I will summarize how we adapted our computational methods to plant genetics to pinpoint genomic disruptions that were causal for previously identified phenotypes. en
dc.description.abstract Gegen Ende des Jahres 2010 ist es schon zum Allgemeinplatz geworden, dass Next Generation Sequencing (NGS) die Biologie revolutioniert hat. Doch das ändert nichts an der Tatsache, dass seit der Einführung von NGS die Kosten für Genom-Sequenzierungen drastisch gesunken sind. Schon bald werden auch kleine Labore in der Lage sein jedes Genom von jeder beliebigen Art zu sequenzieren. Aber obwohl das Sequenzieren von Genomen billig ist, sind die resultierenden Sequenzen allein nicht hilfreich. Es bedarf schon einer ganzen Armee an vornehmlich neuen Methoden, um mit den Anforderung, die NGS Daten mit sich bringen zu Rande zu kommen. In dieser Arbeit präsentiere ich Auszüge aus den Bemühungen aus den letzten vier Jahren, in denen wir versucht haben NGS Technologien für Pflanzengenom-Sequenzierungen nutzbar zu machen. Zuerst beschreibe ich, wie wir NGS Daten gleichzeitig, und trotzdem effizient, gegen mehrere Referenzsequenzen aligniert haben und warum so ein Vorgehen das Ergebnis von Genom-Sequenzierung verbessert. Danach zeige ich, wie man unbekannte DNA Regionen mit Hilfe von Homologie-basiertem Assembly rekonstruieren kann. Und zum Schluss fasse ich zusammen, wie wir unsere Methoden verändert haben, um genomische Modifikationen, die phänotypische Veränderungen zur Folge hatten, Ding fest zu machen. de_DE
dc.language.iso en de_DE
dc.publisher Universität Tübingen de_DE
dc.rights ubt-podok de_DE
dc.rights.uri http://tobias-lib.uni-tuebingen.de/doku/lic_mit_pod.php?la=de de_DE
dc.rights.uri http://tobias-lib.uni-tuebingen.de/doku/lic_mit_pod.php?la=en en
dc.subject.classification Genom , Genanalyse , Genommutation , Ackerschmalwand de_DE
dc.subject.ddc 500 de_DE
dc.subject.other Next Generation Sequencing en
dc.title Whole genome analysis of Arabidopsis thaliana using Next Generation Sequencing de_DE
dc.title Analyse des Genoms der Modellpflanze Arabidopsis thaliana mittels Next Generation Sequencing de_DE
dc.type Dissertation de_DE
dcterms.dateAccepted 2011-03-16 de_DE
utue.publikation.fachbereich Informatik de_DE
utue.publikation.fakultaet 7 Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät de_DE
dcterms.DCMIType Text de_DE
utue.publikation.typ doctoralThesis de_DE
utue.opus.id 5668 de_DE
thesis.grantor 7 Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät de_DE

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