Inhaltszusammenfassung:
Gegen Ende des Jahres 2010 ist es schon zum Allgemeinplatz geworden, dass Next Generation Sequencing (NGS) die Biologie revolutioniert hat. Doch das ändert nichts an der Tatsache, dass seit der Einführung von NGS die Kosten für Genom-Sequenzierungen drastisch gesunken sind. Schon bald werden auch kleine Labore in der Lage sein jedes Genom von jeder beliebigen Art zu sequenzieren.
Aber obwohl das Sequenzieren von Genomen billig ist, sind die resultierenden Sequenzen allein nicht hilfreich. Es bedarf schon einer ganzen Armee an vornehmlich neuen Methoden, um mit den Anforderung, die NGS Daten mit sich bringen zu Rande zu kommen.
In dieser Arbeit präsentiere ich Auszüge aus den Bemühungen aus den letzten vier Jahren, in denen wir versucht haben NGS Technologien für Pflanzengenom-Sequenzierungen nutzbar zu machen. Zuerst beschreibe ich, wie wir NGS Daten gleichzeitig, und trotzdem effizient, gegen mehrere Referenzsequenzen aligniert haben und warum so ein Vorgehen das Ergebnis von Genom-Sequenzierung verbessert. Danach zeige ich, wie man unbekannte DNA Regionen mit Hilfe von Homologie-basiertem Assembly rekonstruieren kann. Und zum Schluss fasse ich zusammen, wie wir unsere Methoden verändert haben, um genomische Modifikationen, die phänotypische Veränderungen zur Folge hatten, Ding fest zu machen.