Charakterisierung des HLA-Ligandoms und des Exoms von Hepato- und Cholangiozellulären Karzinomen im Hinblick auf eine patientenindividualisierte Peptidvakzinierung

DSpace Repository

Show simple item record

dc.contributor.advisor Stevanovic, Stefan (Prof. Dr.) de_DE
dc.contributor.author Günder, Marc de_DE
dc.date.accessioned 2012-11-30 de_DE
dc.date.accessioned 2014-03-18T10:25:52Z
dc.date.available 2012-11-30 de_DE
dc.date.available 2014-03-18T10:25:52Z
dc.date.issued 2012 de_DE
dc.identifier.other 375932550 de_DE
dc.identifier.uri http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:21-opus-65410 de_DE
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10900/49769
dc.description.abstract Bis heute werden Peptide zur Impfung von Krebs in zahlreichen Studien mit viel versprechenden Ergebnissen angewandt, jedoch mit klinischer Limitation. Es wurden Peptid-Cocktails aus HLA-Liganden verwendet, die aus verschiedenen Tumor-assoziierten Antigenen (TAAs) und verschiedenen HLA-Allotypen stammten um so den Tumorescape-Mechanismus durch dessen Verlust der einzelnen Antigene oder HLA-Allele zu verhindern. Der Einsatz von hoch tumorspezifischen Peptiden würde das Risiko von Autoimmunreaktionen minimieren, da diese Peptide Mutationen beinhalten, die im Tumor aber nicht im Normalgewebe zu finden sind. Das Vorhandensein solcher TSAs (tumor specific antigens) sollte mit dieser Arbeit bestätigt werden. Zur Detektion solcher hochspezifischen Peptide kombinieren wir die Methode zur Charakterisierung des HLA-Ligandoms mit der Methode des Next-Generation Sequencing. Die Schnittmenge beider Methoden sollte solche TSAs enthalten. Die Mutationen, die mit NGS im Exom gefunden wurden, führten mit Hilfe der SYFPEITHI-Epitopvorhersage zur Generierung einer patientenindividuellen Datenbank, die diese Mutationen in Form von AS-Sequenzen enthält. Solche mutierten Liganden und deren Zusammenstellung in einer Datenbank könnten in Zukunft zur personalisierten Behandlung des autologen Tumors dienen. Den Fokus auf Leberzellkrebs, bewerteten wir parallel eine Exomsequenzierung und eine HLA-Ligandomanalyse mit malignem und angrenzendem gutartigem Gewebe von 6 Patienten. Ingesamt konnten wir auf Exomebene im Durchschnitt 582 Sequenzveränderungen detektieren, die jedoch mit den insgesamt 2213 gefundendenen Peptiden nicht bestätigt werden konnten bzw. konnten nicht durch die Verwendung von Einschlusslisten aus den Epitopvorhersagen bestätigt werden. Allerdings war es uns dennoch möglich bereits in Impfstudien verwendete Peptide zu bestätigen (MMP7, APOB, VIM etc.). de_DE
dc.description.abstract Till today peptide vaccines for the treatment of cancer have been applied in numerous studies with promising results but still limited clinical success. Peptide cocktails made up of HLA ligands derived from different tumor-associated antigens (TAAs) and presented by different HLA allotypes prevent tumor escape by loss of individual antigens or HLA alleles. The use of highly tumour-specific peptides would minimize the risk of autoimmune reactions, with mutations present in tumor but not normal tissue representing utmost tumor-specificity. The presence of such TSAs (tumor-specific antigens) should be confirmed with this work. For the detection of such highly specific peptides (TSAs), we combine the method of characterisation of the HLA ligandome with the method of next generation sequencing (NGS). The intersection of the results of both methods should contain such TSAs. We employed in silico approaches in order to predict mutated HLA ligands from patient-individual mutations. For this purpose, for each patient an individual database of the mutated proteome had to be created. Such mutated HLA ligands in a database might be used to compose a personalised vaccine for treatment of the autologous tumour in the future. Focusing on hepatocellular cancer, we performed exome sequencing and HLA ligandome analysis in parallel with malignant as well as adjacent benign tissue from 6 patients. Overall, we were able to detect an average of 582 sequence changes in the exome, but with the 2213 peptides we have found in in total on the HLA-ligandome, these changes could not be confirmed. But beside this we could confirm peptides, already in clinical use as peptide vaccines (MMP7, POB, VIM etc.). en
dc.language.iso de_DE de_DE
dc.publisher Universität Tübingen de_DE
dc.rights ubt-podok de_DE
dc.rights.uri http://tobias-lib.uni-tuebingen.de/doku/lic_mit_pod.php?la=de de_DE
dc.rights.uri http://tobias-lib.uni-tuebingen.de/doku/lic_mit_pod.php?la=en en
dc.subject.classification Leberzellkrebs de_DE
dc.subject.ddc 500 de_DE
dc.subject.other Hepatozelluläres Karzinom , HLA-Liganden , Tumor-assoziierte Antigene , Tumor-spezifische Antigene , Peptidvakzinierung de_DE
dc.subject.other Hepatocellular carcinoma , HLA Ligands , Tumor Associated Antigens , Tumor Specific Antigens , Peptide Vaccine en
dc.title Charakterisierung des HLA-Ligandoms und des Exoms von Hepato- und Cholangiozellulären Karzinomen im Hinblick auf eine patientenindividualisierte Peptidvakzinierung de_DE
dc.title Characterization of the HLA ligandome and the exome of Hepato- and Cholangiocellular carinoma with a view to patient-individual peptide vaccine en
dc.type Dissertation de_DE
dcterms.dateAccepted 2012-08-03 de_DE
utue.publikation.fachbereich Biologie de_DE
utue.publikation.fakultaet 7 Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät de_DE
dcterms.DCMIType Text de_DE
utue.publikation.typ doctoralThesis de_DE
utue.opus.id 6541 de_DE
thesis.grantor 7 Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät de_DE

Dateien:

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record