Inhaltszusammenfassung:
Unter den MDS versteht man eine Gruppe von heterogenen klonalen Knochenmarkerkrankungen, die durch eine periphere Zytopenie charakterisiert sind. Für die Diagnose eines MDS müssen zytologische Kriterien wie eine Dysplasie in einer hämatopoetischen Zelllinie von mindestens 10% vorhanden sein. Dies stellt für den erfahrenen Untersucher oft eine Herausforderung dar, da dysplastische Veränderungen auch bei einer reaktiven Anämie oder bei gesunden älteren Individuen auftreten können.
Ziel der durchgeführten Studie war es daher, Mutationen mittels des tNGS zu identifizieren, die mit einem MDS assoziiert sind und diese von Mutationen abzugrenzen, die bei Patienten mit einer peripheren Zytopenie ohne ein MDS auftreten. Auch sollte in dieser Studie untersucht werden, ob bestimmte Mutationen mit einem Progress des MDS assoziiert sind. Des Weiteren sollte die Methode des tNGS nach Ion Torrent am FFPE-Knochenmarkgewebe etabliert werden.
Hierfür wurden 39 Knochenmarkproben, die im Archiv der Pathologie als FFPE-Material vorlagen und auf die Fragestellung eines MDS untersucht worden waren, ausgewählt. Die Probanden wurden in die Studiengruppen reaktive Zytopenie, ICUS, ICUS mit Dysplasiezeichen, low grade MDS, MDS-EB und MDS mit Übergang in eine AML eingeteilt. Nach der DNA-Extraktion mit dem Maxwell 16 FFPE Plus LEV DNA Purification Kit und Überprüfung der DNA auf ihre Amplifizierbarkeit wurden mit dem neu designten MDS-Panel Libraries generiert. Das MDS-Panel enthielt Primer zur Vervielfachung von DNA-Abschnitten in SETBP1, SF3B1, SRSF2, U2AF1, ZRSR2, ASXL1, DNMT3A, IDH1, IDH2, RUNX1, FLT3, TP53, CBL, N-RAS und K-RAS. Die Libraries wurden nach der Methode von Ion Torrent mit dem Ion Torrent PGM sequenziert. Die Datenanalyse erfolgte mit der Torrent Suite, dem Ion Reporter und der IGV-Software. Die identifizierten Varianten wurden mittels Einzelamplikonanalyse auf Mutationen überprüft.
Eine Validierung der detektierten Varianten mittels Einzelamplikonanalyse kann notwendig sein, wenn die Varianten mit einer niedrigen Allelfrequenz identifiziert werden oder, wenn eine niedrige uniformity of amplicon coverage der Sequenzierung vorliegt.
Insgesamt konnten in der Gruppe ICUS bei zwei von sechs Studienfällen, in der Gruppe ICUS mit Dysplasiezeichen bei einem Studienfall, in der Gruppe low grade MDS bei sechs von zwölf Studienfällen, in der Gruppe MDS-EB bei sechs von acht Studienfällen und in der Gruppe MDS mit Übergang in eine AML bei allen drei Fällen Mutationen identifiziert werden. Keine Mutation wurde in der Studiengruppe reaktive Zytopenie gefunden. Mutationen in DNMT3A und ZRSR2 konnten nicht nur bei MDS-Patienten, sondern auch bei Patienten mit einer ICUS detektiert werden.
In der hier durchgeführten Mutationsanalyse waren Mutationen in SRSF2, SETBP1, RUNX1, IDH2 und KRAS mit einem erhöhten Progressionsrisiko eines MDS assoziiert.
Zusammenfassend lässt sich festhalten, dass sich die Methode des tNGS nach Ion Torrent dafür eignet, um FFPE-Gewebe auf Mutationen zu überprüfen. Das in dieser Studie eingesetzte MDS-Panel kann eine Hilfestellung darstellen, bei der Fragestellung nach einem MDS, und um den Verlauf eines MDS besser beurteilen zu können. Da Mutationen in DNMT3A oder ZRSR2, aber auch bei Patienten mit einer Zytopenie ohne ein MDS vorliegen können, müssen die identifizierten Mutationen immer gemeinsam mit den klinischen Befunden und der Zytologie und Histologie des Patienten bewertet werden. Es bedarf weiterer Studien mit größeren Fallzahlen und einem längeren Beobachtungszeitraum, um bei Patienten mit peripherer Zytopenie und Vorhandensein von Mutationen eine genaue Aussage über das Vorliegen eines MDS oder die Wahrscheinlichkeit der Entwicklung eines MDS treffen zu können.
Print-on-Demand