Das Immunpeptidom intrakranieller Neoplasien – Identifizierung von Zielen für die Immuntherapie von Glioblastomen, Medulloblastomen und Meningeomen

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URI: http://hdl.handle.net/10900/104384
http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:21-dspace-1043842
http://dx.doi.org/10.15496/publikation-45762
Dokumentart: PhDThesis
Date: 2022-07-30
Language: English
Faculty: 7 Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät
Department: Biologie
Advisor: Stevanović, Stefan (Prof. Dr.)
Day of Oral Examination: 2020-07-30
DDC Classifikation: 570 - Life sciences; biology
610 - Medicine and health
Keywords: Immunologie , Immuntherapie , Onkologie , Glioblastom , Meningeom , Massenspektrometrie , Hirntumor , HLA
Other Keywords: Medulloblastom
Immunpeptidomik
Intrakranielle Neoplasie
glioblastoma
immunopeptidomics
immunology
mass spectrometry
cancer immunotherapy
meningioma
brain tumor
oncology
HLA
intracranial neoplasia
License: http://tobias-lib.uni-tuebingen.de/doku/lic_ohne_pod.php?la=de http://tobias-lib.uni-tuebingen.de/doku/lic_ohne_pod.php?la=en
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Inhaltszusammenfassung:

Jedes Jahr werden in den Vereinigten Staaten mehr als 80.000 neue Fälle intrakranieller Neoplasien, welche die achthäufigste Tumorart bei Erwachsenen über 40 Jahren und sogar die häufigste Tumorerkrankung im Kindesalter sind, diagnostiziert. Dazu zählen Neubildungen des Hirnparenchyms wie Glioblastome oder Medulloblastome und Tumore der Hirnhäute. Während der letzten Jahrzehnte blieb die Prognose intrakranieller Neoplasien schlecht, was intensive Forschung zur Etablierung neuer Therapien unabdingbar macht. Besonders für rekurrente und nicht resezierbare Tumore gibt es keine evidenzbasierte Behandlung, wohingegen die Bestrahlung des kindlichen sich entwickelnden Gehirns schwere Langzeitschäden verursacht. Die Entwicklung und erfolgreiche Anwendung von Immuncheckpoint-Antikörpern hat eine neue Ära multi-modaler Tumortherapien eingeläutet. Patienten mit intrakraniellen Neoplasien haben von den jüngsten Fortschritten klinisch gesehen jedoch nicht profitiert. Besonders das Ansprechen auf Immuncheckpoint-Inhibitoren korreliert positiv mit der Mutationslast, welche in Hirntumoren niedrig ist. Das erklärt unter anderem auch, weshalb es bislang nicht möglich war, die HLA-Präsentation von Neo-Antigenen auf Hirntumorzellen nachzuweisen. In einer kürzlich durchgeführten klinischen Studie rief die Anwendung eines Multi-Peptidimpfstoffs, der sich gegen nicht-mutierte HLA-Liganden richtet, beachtliche Immunantworten in Patienten mit primärem Glioblastom hervor. Obwohl wir den Nachweis für die ersten beiden mutierten HLA-Liganden im Glioblastom erbringen konnten, sind wir davon überzeugt, dass nicht-mutierte Antigene peptid-spezifische immuntherapeutische Ansätze für intrakraniellen Neoplasien mit geringer Mutationslast prägen werden. Um mögliche Zielantigene für Immuntherapien zu bestimmen, wurde eine groß angelegte Untersuchung des HLA Klasse I- und II-Peptidoms in Glioblastomen (N=62), Medulloblastomen (N=28) und Meningeomen (N=33) durchgeführt. Wir haben eine neuartige Zusammenstellung von Antigenen und Peptiden definiert, welche sich durch natürliche, häufige und tumor-exklusive HLA-Präsentation auf nativem humanem Tumorgewebe auszeichnen – etablierte tumor-assoziierte und Cancer-Testis (“Tumor-Hoden”) Antigene erfüllten diese Kriterien dagegen nicht. Die Bestimmung von Tumor-Exklusivität erfolgte durch den Abgleich mit einem Referenzdatensatz, welcher Immunpeptidome von circa 400 benignen humanen Geweben aus 30 verschiedenen Organen beinhaltet. Bei Glioblastomen wurden zudem primäre und rekurrente Tumore verglichen, was nicht nur Dynamiken der Antigenpräsentation im Laufe des Fortschreitens der Erkrankung aufdeckte, sondern bot auch die Möglichkeit, eine Beschränkung auf jene möglichen Zielantigene vorzunehmen, welche in beiden Krankheitsstadien robust präsentiert sind. Die Implementierung einer Mischung aus zehn isotopen-markierten synthetischen Peptiden als Retentionszeitstandard wird zukünftige Studien des Immunpeptidoms leiten, was innovative massenspektrometrische Datenaufzeichnungsstrategien und quantitative Ansätze mit verbesserten Identifikations- und Reproduzierbarkeitsraten unterstützen wird. Zusammenfassend haben wir das Immunpeptidom des Glioblastoms, des Medulloblastoms sowie des Meningeoms in einer beispiellosen Tiefe untersucht, was die Zusammenstellung einer umfangreichen und neuartigen Liste tumor-assoziierter Antigene und Peptide ermöglichte. Da diese natürlich, häufig und tumor-exklusiv auf HLA Klasse I- oder II-Molekülen präsentiert sind, stellen diese erstklassige Kandidaten dar, um intrakranielle Neoplasien durch antigen-spezifische Immuntherapien vermittelt durch T-Zellen anzugreifen. Das könnte dazu beitragen, der dringenden Forderung nach Alternativen zur Strahlentherapie bei der Behandlung kindlicher Hirntumoren sowie nach Leitlinien für die Behandlung nicht resezierbarer und rekurrenter Neoplasien nachzukommen.

Abstract:

Intracranial neoplasias account for more than 80,000 new cases in the US every year representing the eighth most common tumors in adults older than 40 years and even the most frequent pediatric tumor entity. They comprise malignancies of the brain parenchyma such as glioblastoma or medulloblastoma as well as meningeal neoplasms. Throughout the last decades, the outcome of intracranial neoplasias has remained poor calling for intensive research to establish novel therapies. Especially recurrent and non-resectable tumors are characterized by a profound lack of evidence-based therapeutic options, while irradiation of the developing brain in children causes severe long-term sequelae. With the development and successful administration of checkpoint antibodies, a new era of multimodal anti-tumor therapies has dawned. Patients suffering from intracranial neoplasias have, however, not clinically benefited from the recent advancements. The response to checkpoint blockade, in particular, positively correlates with mutational burden, which is low in brain tumors. This also reasons why neo-antigens have not yet been confirmed to be presented on HLA molecules of brain tumor cells. In a recent clinical trial, the administration of a multi-peptide vaccine targeting non-mutated HLA ligands has elicited remarkable immune responses in primary glioblastoma. Although we succeeded in proving the first two neo-antigenic HLA ligands in glioblastoma, we are convinced that non-mutated antigens will coin peptide-specific immunotherapeutic efforts for intracranial neoplasias with low mutational burden. To define candidate targets for cancer immunotherapy, a large-scale study of the HLA class I and II peptidomes of glioblastoma (n=62), medulloblastoma (n=28), and meningioma (n=33) was performed. We defined a novel set of antigens and peptides characterized by natural, frequent, and tumor-exclusive HLA presentation on native human tumor tissue, whereby established tumor-associated and cancer-testis antigens did not fulfill these criteria. Tumor exclusivity was assessed by comparison with a reference immunopeptidome dataset acquired from approximately 400 benign human tissues covering 30 different organs. For glioblastoma, an additional comparison of primary and recurrent tumors was performed delineating not only dynamics of antigen presentation during disease progression, but also enabling further restriction of candidate targets to those robustly presented at both disease conditions. The implementation of a mix of ten synthetic heavy isotope-labeled peptides as retention time standard will guide future immunopeptidomic studies fostering innovative mass spectrometric data acquisition strategies and quantitative approaches with enhanced identification and reproducibility rates. In conclusion, we investigated the immunopeptidomic landscape of glioblastoma, medulloblastoma, and meningioma in an unprecedented depth unveiling a large novel set of entity-specific tumor-associated antigens and peptides. Being naturally, frequently, and tumor-exclusively presented on HLA class I or II molecules, these represent prime candidates to deliver the power of T cells via antigen-specific immunotherapies to intracranial neoplasias. This may contribute to meet the urgent demand for alternatives to radiotherapy in the treatment of pediatric brain tumors as well as for therapeutic regimens to manage non-resectable neoplasms and disease recurrence.

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